Fatta costruire da Nicola Santovetti ed Enrica Ricci come adempimento di un voto di ringraziamento per la nascita di un figlio, con il costo di 150.000 Lire, dal 1882 al 1889, per offrire un’assistenza religiosa alle numerose famiglie del territorio, non solo  di  Grottaferrata ma anche di Rocca di Papa e Marino.
Fu inaugurata il 14 luglio 1889 e affidata all’abate P. Ignazio Bivaut (francese, nel giorno del primo centenario dalla Presa della Bastiglia!!!) dei Cistercensi Riformati, insieme alla retrostante  casa canonica. Questi poco parlava l’Italiano e mal comunicava con la gente, ‘i villici!’:  acquistò dal Santovetti il terreno limitrofo e vi fece costruire un monastero cistercense, usando  la Chiesa più come cappella del convento che come servizio alla popolazione.
Quando il 24 settembre 1898 il monastero  fu dato alle Suore Trappiste di stretta osservanza la disponibilità del Tempio fu ancora più ridotta per la popolazione. Nel 1902, a seguito di un terremoto i Cistercensi ne fecero ordinare la chiusura.
Quando poi i Santovetti  ne ottennero la riapertura, i Cistercensi andarono via. Nel 1905 la chiesa fu affidata ai Monaci di S. Nilo dell’Abbazia greca di S. Maria, unica Parrocchia di Grottaferrata, fino al 1918.
Agli inizi del 1919 la chiesa di S. Giuseppe fu  eretta a  Parrocchia, la prima di rito latino in Grottaferrata, e affidata a D. Luigi Orione. La chiesa divenne un importante centro di evangelizzazione, di carità e di formazione per i giovani.
Nei primi anni vi fu un susseguirsi di parroci designati.
Iniziò don Pietro Martinotti, che il 27 febbraio 1919 vi celebrò il primo matrimonio,  di Umberto Consoli e Annita Vittoria Serafini, e vi rimase fino a giugno,  con l’aiuto di don Enrico Contardi e don Francesco Casa; la  prima festa parrocchiale di San Giuseppe, il 19 marzo, fu onorata dalla  presenza di don Carlo Sterpi, il Vicario di don  Orione e poi suo Successore,  che amministrò anche il primo Battesimo alla bambina Margherita Rosi, degli sposi Erminio e Fortini Dorotea.
Nel luglio 1919 subentra don Giuseppe Opessi e subito dopo, il 15 agosto, si  celebrano qui le prime Cresime. Dall’agosto 1920 c’è  don Enrico Contardi.  Nel settembre 1921 arriva  don Antonio Tricerri e vi resta 6 anni, fino a tutta l’estate del ’27. Dal settembre 1927 al  settembre  del ’29 tocca a  don Fausto Moncalieri. Finalmente,  dall’ottobre  1929  ritorna don Giuseppe Opessi e vi rimane  per ben 14 anni, fino all’ottobre  del ’43: ricordato  con amore, come “il primo Parroco di S. Giuseppe”, gli rimane intitolato l’oratorio parrocchiale da lui costruito. In questo periodo, dal ’35 al ’39, vive e si santifica nella vicina Trappa suor Maria Sagheddu, la Beata Maria Gabriella dell’Unità, morta vittima per l’unità dei cristiani, a 25 anni, la domenica  23 aprile 1939, festa del Buon Pastore.

Dalla seconda decade di ottobre 1943  la Parrocchia è affidata al clero diocesano: il parroco è  don Tobia Dominicis, che vi resta circa due anni. Il giovedì 17 febbraio 1944 la  Chiesa  venne distrutta da un bombardamento aereo americano: sarà ricostruita alla fine degli anni ’40; nel frattempo funge da Chiesa il teatro-oratorio parrocchiale. A metà settembre 1945 diventa parroco don Valerio Cascia, che rimane per oltre 17 anni. Uomo aperto e comunicativo, capace di coinvolgere giovani e adulti nelle attività parrocchiali, ha come collaboratore don Remo De Angelis, che gli succede dal gennaio 1963 al settembre 1989,  con l’aiuto di vari sacerdoti, in sequenza: don Carlo Meconi,  don Giancarlo Schiboni,  don Maurizio Del Nero e  don Luciano Muratori. Chi lo ha conosciuto, lo ricorda in bicicletta fare il giro delle case della parrocchia. Con lui si sviluppa l'associazionismo dei giovani e si avviano i rapporti tra la parrocchia e "Mondo Migliore". Nella pastorale parrocchiale si affiancano ai parroci i vari ordini religiosi presenti sul territorio: le Suore del "Virgo Fidelis" collaborano direttamente per la liturgia (Madre superiora) e per la formazione (madre Prisca e Suor Maria Goretti). I padri Pallottini (don Vittorio) per l'Azione Cattolica. I Rogazionisti (p. Germinario, p. Raffaele, p. Fiorenzo, Benvenuto, Angelo e altri chierici). I Padri di S. Antonio (p. Rosario, ecc.). Impegno missionrio con p. Mario Celli. Il I° ottobre 1989 il mandato passa a don Quirino Lupelli,  fino  al 21 ottobre 2001. In questo periodo la parrocchia riceve la visita di Madre Teresa di Calcutta, un dono immenso per l'intera comunità parrocchiale che ha pregato con lei, una piccola grande donna in ginocchio ai piedi dell'altare. Dopo il 2001 diviene parroco don Gioacchino Liberti fino al 30 settembre 2012, quando subentrano mons. Claudio Cirulli e di don Jesudass Soosaiappan (don Jessy). Dal 21 settembre 2014 al 15 ottobre 2021 mons. Pierguido Peruzzi, fino all'attuale mons. Claudio Cirulli, parroco anche del Sacro Cuore di Gesù, di San Pio X e di San Camillo sempre a Grottaferrata.